Каким образом в программе отражать новую систему выплаты больничных листов ?

Если организация использует новую систему выплат, то в настройках организации нужно выставить галочку Пилотный проект. Начисление тогда в карточку сотрудника переносится только за счет средств работодателя. За счет ФСС начисленная сумма не переносится.

В калькуляторе больничных производится стандартный расчет пособия (сумма за счет работодателя и сумма за счет средств ФСС).
Таким образом, все отличие новой системы от старой в программе только в переносе начисления суммы за счет средств ФСС в карточку сотрудника.