Поддерживает ли программа учет в бюджетных организациях ?

Да, в программе имеется учет по статьям расходов. Каждому виду начисления можно сопоставить код статьи расходов. Далее с учетом данных статей можно формировать отчетность по начислениям, НДФЛ, страховым взносам.