В феврале 2019 года у сотрудника было ошибочно удержано из заработной платы 1000 рублей Как отразить такую ситуацию и вернуть деньги сотруднику в марте ?

Так как это было удержание из заработной платы, то на начисление НДФЛ и страховых взносов не повлияло. Поэтому в Справочнике начислений необходимо создать новый вид начисления, например «Возврат суммы» и указать параметры: НДФЛ – не начислять, страховые – не начислять.

В марте добавить в начисление данный вид из Справочника и провести выплату сотруднику.