Каким образом отразить в программе выплату членам умершего сотрудника ?

Создайте в справочнике начислений новый вид начисления - назовите его, например "Выплата членам семьи умершего сотрудника". 
В настройках данного начисления уберите галочки по налогообложению НДФЛ и страховым взносам.
Далее проведите начисление в карточке с новым кодом на расчетную сумму.
Таким образом можно в справочнике создавать любые виды начислений, которые там отсутствуют.